肩部肌腱损伤，大多都是进行保守治疗。
在急性期应进行冷敷，并且对肩膀部位使用肩肘带或者支具进行固定。在急性期过后，可通过热敷、红外线照射等方式促进恢复。在疼痛的症状较明显时，可使用双氯芬酸钠、布洛芬等非处方类抗炎镇痛药缓解，也要口服活血化瘀的中成类药物进行调理，比如三七粉、跌打丸等，都有助于肩部肌腱损伤的恢复。
如果肩部肌腱损伤特别严重或者是保守治疗效果不佳，应当考虑进行手术治疗，主要是通过肩关节镜微创手术进行肩部肌腱损伤修补术。