胆道结石通常是由于胆道感染和胆汁淤积后，胆汁代谢紊乱形成胆红素钙等沉淀物，这些沉淀物聚集在一起就形成胆结石。
如果胆道内有蛔虫，会引起胆道感染，并且在蛔虫死亡后可形成胆结石核心成分，这也是胆道结石形成的另一个因素。胆道结石形成第三个原因有可能是胆囊内形成的胆固醇，结石经胆囊管进入肝外胆道内而形成胆道结石。
结石在胆道里有可能会引起胆道梗阻，甚至有可能会继发细菌感染或者化脓性感染，而出现黄疸、急性胆管炎，以及急性化脓性梗阻性胆管炎的发生。