任何手术都会有一定的风险，可能出现一定的并发症或后遗症。对于肝内胆管结石的患者而言，术后的并发症与患者的病情、手术方式的选择等有着重要的关系。肝内胆管结石的手术，需要根据实际情况而定。
最常见的手术方式是肝内胆管切开，但如果结石位置较深、或者数量较多、或者直径较大等因素，造成单纯切开难以取出或效果不好，就可能需要连同结石周围的肝脏组织一并切除。
如果查体发现肝功损害严重，出现了不可逆性的损伤，就需要进行肝移植。因此，不同的手术方案带来的术后并发症是不相同的，而患者的个人体质也对术后恢复会有关键的影响。