韦格纳肉芽肿目前来说病因不清楚，多数人认为与免疫反应有关，另外有半数的病人化验检查类风湿因子以及抗平滑肌抗体是阳性的。病人有高丙球球蛋白血症，毛细血管壁内有免疫球蛋白沉积，所以认为本病可能是一种自身免性疾病，它的发病了也可能与免疫复合物有关系。
由于绝大多数的病人是先有上呼吸道感染的症状，又有人发现用磺胺类药物治疗有效，由此推测韦格纳肉芽肿的发病与微生物的感染可能有关系，因此有的人认为上呼吸道感染以后，被分解的物质可能作为致敏源导致机体产生异常的反应，也就是变态反应而发生本病。