腘窝囊肿是否会自己消失，与腘窝囊肿类型有关。
如果是原发性的腘窝囊肿，并且患者为儿童，一般不需要进行特殊治疗，可能会自己消失。如果是继发性的腘窝囊肿，大多是由于半月板损伤、关节软骨退变等因素所引起，一般不能自主消失，需要进行针对性的治疗，才能够完全治愈。
如果没有及时地进行治疗，囊肿体积过大后，可能会对膝关节的活动造成一定的影响，还会压迫到肌肉、血管、神经等组织，从而引起下肢运动障碍。因此，在确诊后，应及时地进行药物治疗、穿刺抽取或者是手术治疗。