再生障碍性贫血，常与阵发性睡眠性血红蛋白尿、骨髓增生异常综合征、自身抗体介导的全细胞减少、急性白血病以及恶性组织细胞病相鉴别。
阵发性睡眠性血红蛋白尿，典型患者有血红蛋白尿发作，易鉴别，不典型者无血红蛋白尿发作，全血细胞减少，骨髓可增生减低，容易误诊为再生障碍性贫血。阵发性睡眠性血红蛋白尿患者，骨髓或外周血可发现cd55、cd59双阴性的各系血细胞。
骨髓增生异常综合征，又称MDS，MDS中的难治性贫血有全血细胞减少，网织红细胞有时不高甚至降低，骨髓也可低增生，这些容易与再生障碍性贫血混淆。但难治性贫血有病态造血现象，早期随细细胞相关抗原cd34表达增多，可以染色体核型异常等。
自身抗体介导的全血细胞减少，包括Evans综合征和免疫相关性全血细胞减少，前者可测及外周成熟血细胞的自身抗体，后者可测及骨髓未成熟血细胞的自身抗体。这两类患者可有全血细胞减少并骨髓增生减低，但外周血网织红细胞或中性粒细胞比例往往不低，甚至偏高。
急性白血病特别是白细胞减少和低增生性急性白血病，早期肝、脾、淋巴结不肿大，外周两系或三系血细胞减少，容易与再生障碍性贫血混淆。仔细观察血象及多部位骨髓，可发现原始粒、单、或原淋细胞明显增多。
恶性组织细胞病，常伴非感染性高热进行性衰竭，肝、脾、淋巴结肿大，黄疸出血较重，全血细胞减少，多部位骨髓检查可找到异常组织细胞。