肛瘘患者可以采用保守治疗，但是效果不佳，建议及时手术。
肛瘘多是在肛周脓肿继发而成的，在早期可以采用改善不良的排便习惯，治疗便秘和肛门清洁，服用抗生素，配合局部涂抹药膏，以高锰酸钾1：5000比例溶液进行坐浴，起到局部祛瘀消肿、消炎杀菌的作用，可以有效解决肛瘘症状。
由于肛瘘是一个炎性的瘘管，内口受粪便的刺激和污染，反复排出脓性渗液，经久不愈，所以不通过手术很难治愈。手术多采用挂线疗法，肛瘘切开术和肛瘘切除术，效果很好。