肛瘘是不会或很少有可能自然愈合的。各种非手术疗法，保守治疗只能缓解其症状，但根本无法达到彻底治愈的目的。
有些肛瘘病人对自己的毛病认识不足，总以为会慢慢好起来。很害怕开刀，一拖再拖，使病情不断恶化发展，导致反复发作直肠肛管周围脓肿。有的甚至因病史过长，瘘管内组织被炎症反复刺激，最终恶变形成瘘管癌。
现在要治好肛瘘必须采用手术方法进行治疗。有人认为挂线很方便，其实挂线也属于手术操作的性质。同样要局部消毒麻醉，必要时还是要切开一些组织。