肛瘘可以采取保守治疗，对于一些没有条件手术或者身体条件不容许手术的患者，当出现肛瘘急性发作症状时，可以通过使用药物控制局部的症状，还有对于一些经多次的手术仍然无法治愈的复杂性高位肛瘘，如果再继续手术，有可能会造成患者术后肛门功能的障碍的前提下，就不建议继续行手术治疗，可以考虑采取用药保守治疗，控制症状。
但如果没有以上一些情况的肛瘘患者还是应该及时行手术治疗，因为保守治疗仅能控制症状，并不能完全治愈肛瘘。