肛瘘也可以采取保守治疗。对于一些没有手术条件或者身体条件已经不允许手术的肛瘘患者，就只能采取保守治疗，主要是通过改善饮食、排便以及生活习惯减少或者避免肛瘘出现急性发作。肛瘘出现急性发作时，通过使用药物缓解症状。
在临床上有极少数的复杂性肛瘘患者，即使经过了多次手术仍然术后出现复发，而类似通过多次手术仍然无法治愈的肛瘘，就不建议其继续手术。
因为继续手术有可能会造成肛门功能受影响，也是采取保守治疗，以控制症状为主。