胆总管结石的治疗主要依据患者的实际病情，对于症状较轻、胆结石数量少、直径小的患者，可以采取药物治疗，比如症状发作时可以给予解痉止痛、消炎利胆、抑酸护胃等药物，平时还可以口服一些溶石和排石的药物，比如熊去氧胆酸、鸡内金和一些中药的方剂，比如胆道排石汤，消炎利胆汤等。
如果结石比较大、数量也较多、患者症状重，就可以采取手术治疗。
目前，临床上应用最广泛的手术方式为腹腔镜下胆管切开取石加T管引流术，随着医疗水平的发展ERCP等内镜介导的取石手术，也越来越多的被应用于临床。