功能性消化不良主要是因为胃肠蠕动慢而引起，可以服用促进胃动力和助消化的药物治疗。
增强胃动力的药物可以选择多潘立酮、伊托必利等，能够增强胃肠道的蠕动能力，使其处于正常的运转状态。助消化的药物可以选择健胃消食片、乳酸菌素片等，能够帮助消化，促进胃的排空，改善功能性消化不良引起的胃胀、食欲下降、恶心、呕吐等不适症状。如果是因为脾胃虚弱引起的功能性消化不良，可以服用参苓白术散、补脾益肠丸，调理脾胃，改善症状。
平时要适当运动，促进消化吸收，并要调节情绪，避免焦虑。