细菌感染是胆囊结石发病的重要条件之一，二者常同时存在，相互影响。
胆囊结石发病的基础是胆汁淤积和细菌感染，当因为饮食不规律、胆管梗阻等因素时，会造成胆汁淤积于胆囊而无法排出，胆汁内的胆固醇及胆色素的浓度会越来越高，从而沉淀形成结石。胆囊结石有可能会随着胆囊收缩，被排到肝内胆管内形成或加重梗阻，导致胆汁淤积加重。
胆囊结石还能刺激胆囊壁水肿、感染，致病的细菌能分泌出一些粘稠的酶类物质，与胆汁中的胆固醇等物质黏着在一起形成结石。