肝内胆管结石会导致肚子痛，而且腹痛，主要是右上腹疼痛是胆管结石最常见的临床表现，疼痛性质可为持续性的胀痛或痉挛性的绞痛，疼痛发作时可向右侧的肩背部和腰部放射。
此外，结石可能导致胆汁的排泄受阻，部分患者可能会出现食欲不振、恶心、呕吐、腹胀、腹泻等消化不良的表现。如果结石合并感染，可能出现发热、乏力、肢体酸痛等症状。
如果结石造成的梗阻较严重，可能出现梗阻性的黄疸或肝功损害，临床可表现为患者皮肤发黄、感觉骚痒，如果肝功损害较严重，可能出现营养不良、肢体水肿等临床表现，查体时可能发现肝掌和蜘蛛痣等。