肝包虫病患者常具有多年病史，病程呈渐进性发展。初期症状不明显，可于偶然中发现上腹包块，开始引起注意。发展至一定阶段时，可出现上腹部胀满感、轻微疼痛，或压迫邻近器官所引起的相应症状。
如肿块压迫胃肠道时，可有上腹不适、食欲减退、恶心、呕吐和腹胀等。位于肝顶部的囊肿，可使膈肌向上抬高，压迫肺而影响呼吸。
位于肝下部的囊肿可压迫胆道，引起阻塞性黄疸，压迫门静脉可产生腹水，更常见的情况是病人因各种并发症而就诊。