从理论上，核酸肛拭子检测没有不适合的人群。但是对于一些刚进行完肛肠手术、肛周脓肿、溃疡和糜烂的患者，是不可以做的。
在现阶段，并非每个人都要进行肛拭子检测，因为这一检测方式不够便捷，很容易使被检测者出现排斥的心理，因此不适用于大规模的筛查。目前仅在小范围内针对一些重点人群使用，比如具有消化道症状的人群、隔离点人群、入境人员等。检测的过程一般没有任何痛苦，只需要积极配合采样人员即可。
之所以最近新增肛拭子检测法，主要是由于经过研究发现，有一些感染患者肛拭子核酸阳性的持续时间，与上呼吸道持续的时间相比要更长。通过增加肛拭子的检测，能够降低假阴性的几率。