肝包虫病的手术风险因病情程度、治疗方式不同而不同，但是随着科技水平和医疗技术的提高，目前肝包虫病的手术治疗风险相对较小，其中，囊性包虫病的囊肿破入腹腔者，需彻底清理全腹腔，尤其是盆腔内的包虫内容物。
破入胆道者处理原发病的同时，尚须切开探查胆总管，清除全部包虫碎屑，并作胆总管引流或内引流手术，泡性包虫病争取手术根治，根据病变范围，分别选用肝叶、半肝或肝部分切除术。
经手术探查无法切除者，可行姑息性手术，不同病情、不同的治疗方案带来的风险也不相同。