门静脉血栓形成后会导致门脉高压，引起腹痛、恶心、呕吐、消化不良等症状。
门静脉血栓通常是由于门静脉邻近的组织器官化脓性炎症引起，如肝脓肿、胆系感染，另外全身的感染以及恶性肿瘤等疾病也可导致。多数门静脉血栓是慢性的，会逐渐形成侧支循环来代偿，但最终也避免不了门脉高压的发生，可以引起消化道出血、大便带血、肝脾肿大及消化不良等症状。
门静脉血栓还可引起肠系膜血栓，从而导致肠管急性坏死，若不及时手术治疗，可引起感染性休克，而危及生命。