阿法骨化醇与维生素D3的区别在于两者在体内的代谢过程不同、适应证不同。
阿法骨化醇和维生素D3若想在体内发挥补充钙质的作用，都需要在人体内代谢为骨化三醇才可以。维生素D3若想转化为骨化三醇需要经过两个步骤，首先需要在肝脏内代谢为25-羟基维生素D3，再到肾脏内代谢为1,25-二羟基维生素D3即骨化三醇，而后发挥促进钙离子吸收的作用。而阿法骨化醇本身就是1-羟基维生素D3，所以只需到肝脏内再加上一个羟基成为1,25-二羟基维生素D3即可，所以在代谢过程来看，阿法骨化醇比维生素D3少了在肾脏内代谢的过程。
虽然阿法骨化醇与维生素D3都能促进钙质的吸收，但是从代谢过程可以知道，阿法骨化醇不用在肾脏内代谢，所以阿法骨化醇与维生素D3相比，可以适用于肾功能异常的患者。除此以外，两者都是用于甲状旁腺功能低下、抗维生素D佝偻病，以及骨质疏松、维生素D缺乏症、慢性低钙血症等。
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