新生儿肠梗阻根据其类型不同引起的原因也各不相同，常见的类型有血运性肠梗阻、动力性肠梗阻、机械性肠梗阻等。
如果新生儿肠梗阻为血运性肠梗阻，多数是由肠系膜血管闭塞、急性肠缺血、肠壁性障碍等原因所引起，这些都会造成肠蠕动异常，使肠道当中的物体不能够及时地排出，并在肠道当中梗阻。
如果新生儿肠梗阻为动力性肠梗阻，多数是由头部损伤、小肠运动瘫痪等原因所引起，这些都会导致肠蠕动停止，使肠道当中的物体不能够及时地排出，持续在腹部内堆积，就会形成肠梗阻。
如果新生儿肠梗阻为机械性肠梗阻，多数是由肠套叠、肠扭转、肠道炎症等原因所引起，当新生儿出现上述病变时，也会影响到肠道的正常蠕动，使较多的物体不能够及时地排出，所以就会出现肠梗阻病变。
除此之外，还可能是功能性肠梗阻，多数是神经反射异常造成，例如败血症、甲状腺功能底下等。
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