新生儿肠梗阻的原因有很多可以引起，在医学比较常见的原因就是大便干燥，可在肠道引起肠梗阻，这种肠梗阻大多是不完全的肠梗阻。
还有的肠梗阻是小儿容易发生肠道扭转，这种肠梗阻在小儿中比较常见，发病比较快。患儿疼痛不止，出现腹痛、腹胀、不吃奶、恶心、呕吐的情况。甚至停止排便、排气，然后大便可以是暗红色。小儿肠梗阻出现这种情况要抓紧处理，是小儿科的一种急症处理。
再有就是肠套叠，在新生儿中也是容易发生的疾病。这种疾病相对要少一些，以前寄生虫滚成一个球也可以引起肠梗阻，现在生活都比较卫生比较少见了。