新生儿肠梗阻一旦发现，首先要求禁食、通便。
肠梗阻的症状表现为呕吐、无排气、排便和腹胀、肠鸣音较弱，需要行胃肠彩超和腹部平片来确诊。治疗肠梗阻时，轻症需要禁食，配合补液疗法来维持生理的需要量。西药给予灌肠通便促进了肠道的排空，如开塞露、甘油、灌肠剂或大承气汤这类的中药也是可以用的。
新生儿肠梗阻需要酌情给予抗生素预防感染，如果出现严重者即时手术治疗。大部分经过以上的治疗，肠梗阻会快速的缓解。当然有些肠梗阻是由于先天性的巨结肠引起，那也只能进行手术治疗。