急性肛周脓肿主要是肛管内肛腺感染引起。
肛腺位于肛门括约肌内，开口在肛门内齿状线上的肛窦处，肛窦开口向上，粪便容易进入肛窦内，引起肛窦感染。而且炎症沿肛腺扩散，通过淋巴管进入肛周间隙，引起软组织化脓感染而引起肛周脓肿。
通常直肠内异物或干硬粪便划伤肛管直肠黏膜，容易继发感染，也会引起急性肛周脓肿。如果肛门周围的毛囊和汗腺出现了感染，也容易引起皮下肛周脓肿，这种肛周脓肿不是肛门内肛腺感染引起，一般不会形成肛瘘。
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