肛周脓肿可由特异性和非特异性的病因引起。
非特异性的肛周脓肿多由肛窦管阻塞后感染引起。肛窦是向上开口于直肠的漏斗形盲袋，其底端多数有肛腺。肛腺腺体导管多位于粘膜下层及内外括约肌之间，当肛窦肛腺感染后，炎症蔓延波及到肛门周围的疏松结缔组织间隙形成脓肿。
特异性肛周脓肿病因包括外来细菌的侵入、创伤、恶性肿瘤、放射、感染性皮炎、肛瘘，也可由痔疮和其它肛门手术引起肛门直肠周围脓肿。常见的致病菌有金黄色葡萄球菌、链球菌、大肠杆菌、变形杆菌等。