肛瘘和肛周脓肿都属于肛周常见的感染性疾病，常见的区别主要有以下几点：
1.临床症状。肛瘘表现为肛周反复流脓以及肿痛，其疼痛症状相对于肛周脓肿来说要轻微的多。而肛周脓肿主要的症状为肛周肿痛，疼痛剧烈，有些会伴有发热等全身症状。
2.体格检查。肛瘘可以在肛门周围看到炎性肉芽肿性外口，挤压后有脓液渗出，非急性感染期可以在肛门周围皮下摸及条索状瘘管走向肛内。而肛周脓肿主要表现为肛周局部红肿热痛，高位的脓肿可经直肠直诊触及直肠隆起，肛门周围并没有外口。
由于肛瘘和肛周脓肿是同一疾病的两个不同阶段，肛瘘为慢性迁延阶段，而肛周脓肿为急性感染阶段。
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