原发性膜增生性肾小球肾炎的治疗一直是肾脏病学的一大难题，至今尚没有有效的治疗方法，单纯的激素治疗基本无效，如果临床表现有大量蛋白尿或肾病综合症而肾功能正常的患者，可以应用标准疗程的强的松和免疫抑制剂治疗，治疗一个疗程后，无论疗效如何均应及时减量，以免出现严重的副作用。
抗凝剂及抗血小板聚集的药物可以防止纤维蛋白原沉积和血小板的激活，可以取得减少蛋白尿稳定肾功能的疗效，中药治疗通常采用活血化瘀、清热解毒的方法，同时也应用具有双向免疫调节作用的中草药如黄芪等进行辅助治疗，也可采用雷公藤多甙但效果并不显著，原发性膜性肾小球肾炎是一个缓慢进展性疾病，其预后恶劣，半数以上的患者在10年内可发展至终末期肾衰竭。