患者排尿后仰卧于检查台上，腹部垫以直径10到15厘米，长50到60厘米的棉枕，将肾脏推向背部固定，双臂前伸，头歪向一侧，一般选择右肾下级为穿刺点，以穿刺点为中心消毒背部皮肤，铺无菌巾，以无菌B超穿刺探头成像；用1%到2%利多卡因在穿刺点局麻，取10厘米长心内穿刺针，垂直从穿刺点刺入至肾囊，注入少量局麻药物，将穿刺针垂直刺入达肾囊，观察肾脏下极随呼吸移动情况。
当肾脏下极移动到穿刺最佳位置时，令患者屏气，立即快速将穿刺针刺入肾脏内2到3厘米，拔除穿刺针，嘱患者正常呼吸，检查是否取到肾组织，如为肾组织，由在场穿刺现场的病理技师测量其长度，并在解剖镜下观察有5个以上肾小球后，送检光镜、电镜和免疫荧光检查，否则应重新取材。