跑步小腿酸痛与如下机制有关：
1.肌肉疲劳。因为跑步动作需要小腿肌肉发力带动踝关节屈伸完成，包括胫前肌群和后侧三头肌。跑步是相对较剧烈的运动，需要上述肌肉快速且频繁收缩，容易引起肌肉劳损负荷后痉挛性疼痛和拉伤，表现为酸痛不适。另外，跑步时肌肉大量运动造成乳酸等代谢产物堆积，也会引起肌肉酸痛。
2.滑囊炎。跑步时同时需要大腿肌肉肌腱带动膝关节屈伸完成，上述肌腱附着在小腿上端，靠近膝关节部位。如膝关节前下方的髌韧带胫骨结节附着点、前内侧鹅足，以及前外侧髂胫束附着点等。当跑步时上述肌腱骨附着点反复磨损会引起内滑囊发炎，如鹅足滑囊炎、髂胫束滑囊炎以及跑步者膝、髌腱滑囊炎等，表现为小腿上段酸痛不适。
3.骨质疲劳。跑步时小腿胫腓骨反复承受落地的冲击力，其受力较正常站立及行走都要大很多，引起跑步时胫腓骨过度受力、疲劳，骨小梁微损伤。长时间跑步运动甚至可出现骨髓水肿以及腓骨疲劳性骨折，会表现为小腿部位酸痛不适。