肛门周围起水泡，有可能是单纯性的疱疹感染所引起的一种症状。如果体内感染了疱疹病毒，也会导致肛门局部的皮肤起水泡，还伴有疼痛难忍，具有传染性，需口服抗病毒的药和外用抗病毒的药膏来治疗。
平时肛门部位过度闷热、潮湿，容易引起细菌感染，从而导致炎症的发生，形成一个个小水泡，并伴有瘙痒的症状，这种情况需要用抗感染的药物进行涂抹局部。
另外，还有可能是因为局部过敏所导致，比如吃了容易过敏的食物，或局部受到过敏原的刺激，也会表现为肛门出现一个个小水泡伴有瘙痒，需用抗过敏的药物治疗。