肛门周围起小疙瘩的原因较多，常见的有以下几种：
1.有可能是肛门湿疹导致的，主要是肛周存在真菌感染，造成局部出现放射状的皲裂，之后会出现渗出的现象。在晚期阶段时，就会有小丘疹出现，同时还会伴有疼痛、瘙痒等症状。
2.肛门周围的小疙瘩还有可能是肛周尖锐湿疣，属于人类乳头瘤病毒的一种，一般在肛门周围容易发生，并具有较强的传染性，大多是性传播。肛周尖锐湿疣在初期时，典型的症状就是肛周有小丘疹、大小不等、质地较硬，当病情进入晚期阶段时，就会有菜花状或是乳头状的疣状物出现，这些疣状物破溃后还会流出脓液。