小儿肠重复畸形的严重程度，取决于畸形的位置和大小。
少部分的小儿肠重复畸形，如果跟正常的肠管没有相通，没有压迫正常的肠管，有时候没有明显的症状表现，对人体也没有危害，终身都发现不了这种病情。但是大部分的小儿肠重复畸形，对人体都是有危害性的，一般的都表现为反复的腹痛，有的会出现便血，大的畸形肠管会出现腹部包块。
囊肿型的小儿肠重复畸形会引起肠壁突出，严重的会堵塞肠管，容易引起肠梗阻，部分的还会引起肠套叠。一般都是在两周岁之内出现症状，此病一旦发现需要手术治疗。