早上特别困可能是晚上睡眠时间不足或失眠所引起。受到环境因素、心理因素等各方面的影响，有可能会导致晚上睡眠时间过短或者是严重的失眠，在早晨起床后就会出现特别困的情况。在白天时还会出现乏力、注意力不集中的情况。
早上特别困还可能是正常的生理现象，因为在早上起床时脑神经没有完全地觉醒，就会出现特别困倦的情况。在适当活动后可能会逐渐消失，不需要进行特殊处理。
如果存在脑动脉粥样硬化，可能会导致脑部慢性供血不足，也会导致早上起床特别困。