由于微创技术的发展，食管平滑肌瘤可以通过内镜手术切除。
除手术外，内科在内镜治疗方面也有一些新进展，如内镜下切开食管黏膜和肌层，相当于内镜下切开黏膜层，彻底切除食管平滑肌瘤。
这些技术的优点是不需要胸腔镜全身麻醉和胸腔镜手术，而且可以在胃镜下切除平滑肌瘤，适用于操作简单、体积小、适合的病人。
大型肿瘤，尤其是3cm以上的肿瘤，也很难剥除，而且可能有整个食管穿孔。因此，无论是适合胃肠病学的内镜中心还是胸外科，都需要看医生看具体情况。