脑积水分流手术是并发症比较多的手术，脑积水分流手术通常有脑室腹腔分流手术、脑室心房分流手术以及腰大池腹腔分流手术等等。
脑积水分流手术后并发症通常有感染、堵管、分流不足、硬膜下出血，以及分流管外露等等。
脑积水分流术后最常见的并发症是感染，感染通常以革兰氏染色阳性菌为主，革兰氏染色阴性菌相对比较少见。
脑积水分流手术预防感染的关键就是无菌操作，如果已经出现感染，必须选择敏感的抗生素。