除利尿、降压等一般对症治疗外，目前局灶节段性肾小球硬化的主要治疗药物为激素及细胞毒类药物。尽管疗效欠佳，但仍有部分患者经过激素治疗后，可以完全缓解或减少蛋白量。
激素的用药方法同微小病变肾病的治疗方法相同，但多数局灶节段性肾小球硬化患者，在激素治疗初期即表现为激素抵抗，只有少数患者对激素敏感或部分有效，成为激素依赖。
综合文献报告，成人及儿童的局灶节段性肾小球硬化患者经一个疗程激素治疗后，约有20%到35%患者可以完全缓解，尿蛋白减少者约为20%到40%。但由于本病的自然病程难以预测，不能肯定这些病例中没有自发缓解的现象。有研究表明激素与细胞毒类药物交替应用，可以提高局灶节段性肾小球硬化患者的治疗缓解率，病情稳定，并能减少复发。