怀疑女性有子宫内膜异位症时，首先要询问女性的病史，比如他有没有痛经现象？有没有慢性的盆腔痛以及生育的病史，此外，要做常规的妇科检查。如果在附件区可以摸到囊性的包块，活动度欠佳，那么有可能是卵巢的巧克力囊肿。
还可以结合其他的一些辅助检查，比如说抽血化验ca125了解水平是否升高，做阴道的超声检查或者是腹部的彩色超声检查，如果在附件区可以看到囊性的回升。囊内容物回升不清亮，有点状的细腻回升，那么就有可能是子宫内膜异位症。不过最可靠的诊断方法还是在腹腔镜下的诊断了。