轻度子宫内膜异位症可不需要治疗，可以自然受孕。中度的子宫内膜异位症，可以用药物治疗，如米非司酮、GnRH-a等药，停药后尽快怀孕。有卵巢巧克力囊肿，直径大于5公分的，可先行腹腔镜下巧克力囊肿剥除术，术后也可以给予GnRH-a治疗3到6个月，然后停药后术后半年内尽快排卵监测怀孕。
如果是重度子宫内膜异位症，经门诊治疗不怀孕的，可以行试管婴儿直接助孕治疗。重度子宫内膜异位症很难自然受孕，它可能引起输卵管阻塞，还容易引起排卵障碍，所以如果是重度的，就不要自行怀孕，是需要助孕的。