子宫内膜异位症治疗的根本目的，是缩减和去除病灶、减轻和控制疼痛、治疗和促进生育以及预防和减少复发，治疗的方法要根据患者的年龄、症状、病变的部位和范围，以及对生育是否有要求来加以选择。
主要强调治疗的个体化原则，可治疗的方法包括有药物治疗，治疗的目的是抑制卵巢的功能，阻止子宫内膜异位症的发展，适用于有慢性盆腔疼痛、经期痛经症状明显，有生育要求以及没有卵巢囊肿形成的患者。
对于较大的卵巢子宫内膜异位囊肿，特别是卵巢包块性质不明的，要采取手术治疗。再有手术治疗，手术治疗的目的是切除病灶恢复解剖，适用于在药物治疗后症状不缓解、局部病变加重或者生育功能没有恢复的情况，较大的卵巢子宫内膜异位囊肿也是需要手术治疗，腹腔镜手术是目前首选手术方法，目前认为腹腔镜确诊、手术加药物治疗，是内膜异位症治疗的金标准。