肝穿刺活检后有以下副作用：
1.肝出血。包括腹腔内出血和肝内出血或肝包膜下出血，但是出血的概率低于0.2/1000，这是由于针尖划破肝表面导致。对于肝出血主要的预防是要让肝穿患者学会按照肝穿医生的口令屏气呼吸，进针迅速准确，然后出针后迅速加压穿刺部位是预防出血的关键。
2.胆汁性腹膜炎。是由于肝穿针可能会穿破肝内胆管，从而发生胆瘘，进一步发生胆汁性腹膜炎。如果应用超声引导下是可以避免进针到胆管内。
其余的副作用还包括术后疼痛，但通常都能够自行缓解，并不严重。还有一些如气胸和胸腔积液等，这种比较罕见，在B超下进行引导穿刺都可以有效避免。