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肝穿刺是有创的检查，可能存在一定的风险，但是目前的肝穿刺活检，多数是在B超的定位下操作，所以风险较低。肝穿刺的并发症主要与定位不准确有关。 在穿刺的过程中，可能穿刺肺脏会出现气胸，但是一般发生率比较低。而凝血功能不好的人群，穿刺不容易止血。但是多数大夫在穿刺前，会进行判断分析，不建议进行经皮的肝穿刺，可做经颈动脉的肝穿刺活检。 术后患者应避免剧烈运动，24小时内尽量保持比较稳定的状态，不要擅自解开绷带。
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