当输尿管结石直径小于0.6厘米、表面光滑、结石以下尿路没有梗阻或结石未引起尿路完全梗阻。特殊成分的结石，对尿酸结石和胱氨酸结石推荐采用内科治疗。鼓励患者增加液体摄入，每日饮水2000到3000毫升，使尿量增加至2到2.5升／24小时。
改变饮食习惯，包括限制盐、蛋白质和草酸摄入，菠菜、红茶及巧克力等食物草酸含量高，应尽量减少摄入。高尿酸血症时要避免进食动物内脏、鱼和咖啡等，增加活动量。
对于结石大于0.6，小于2.0厘米的结石，建议首选体外冲击波碎石术。对于大于2.0或鹿角形结石可采用经皮肾镜或输尿管镜取石术。对于少数复杂的肾结石可行开放性手术取石。