发生巨细胞病毒感染以后，处理措施要根据患者自身的身体状况采取不同的治疗方案。如果是孕妇在妊娠早期出现了巨细胞病毒感染，应该尽快终止妊娠。如果孕妇是在怀孕中晚期发现巨细胞病毒感染，应该进一步排查胎儿有无畸形，从而采取相应的治疗措施。
对于免疫功能低下，发生巨细胞病毒感染的患者，可以采取抗病毒药物进行治疗。临床上首选更昔洛韦进行抗病毒治疗，有效率大约为80％，还可以使用膦甲酸钠进行抗病毒治疗。
对于严重的巨细胞病毒感染的患者，可以使用巨细胞病毒特异性免疫球蛋白。该药可以中和巨细胞病毒，阻止巨细胞病毒细胞毒性T细胞的效应，从而减轻软组织损害。