脑囊虫病积极地治疗，大多数病人可以完全治愈，不会留下后遗症，有少数的病人可能会留下一些后遗症，比如癫痫。病人有可能偶尔会有癫痫发作的情况，是属于继发性的癫痫，可以在医生指导下服用卡马西平等药物进行治疗，平时要注意避免诱发的因素。
有的病人也有可能会留下肢体感觉功能障碍、肢体运动功能障碍以及认知功能障碍等后遗症。患者有可能会有肢体麻木、肢体的力量下降，甚至偏瘫等症状，会影响生活的质量，极少数的病人有可能导致视力障碍。
确定患有脑囊虫病，应该尽早地治疗，避免留下后遗症。