肛裂造成的后遗症较多，最常见的是患者因为惧怕排便疼痛，故而长期憋便，造成大便干燥加重，排便时肛裂更加疼痛，形成恶性循环。
患者控制饮食，容易导致消化不良、消化道溃疡等消化系统疾病，引起消瘦、贫血、水电解质紊乱、酸碱平衡失调、维生素、矿物质吸收障碍，造成内分泌系统和代谢系统紊乱。从而导致机体免疫力和抵抗力下降，感染疾病的几率增大。
肛裂也可以导致肛周皮肤感染、肛门湿疹，继发感染可形成肛周脓肿。肛裂溃疡面长时间不愈合，也可能发生癌变。