肛裂手术一般不会有什么后遗症，由于肛裂手术切口大多浅表，愈合以后也不会对肛门功能造成很大的影响。
肛裂需要手术的大多为陈旧性肛裂，症状比较严重，周期性疼痛明显，手术时需要切除裂口，以及肛裂三联征的哨兵痔、肛乳头肥大等。在切除以后，还需要切断部分肛门内括约肌，使肛门稍微松弛，防止其术后出现肛裂复发。
所以其损伤在肛肠科手术里面相对是偏小的，一般也不会造成患者术后一些肛门的功能障碍，比如肛门失禁、肛门狭窄等等。