输卵管脓肿的治疗首选的是药物治疗，也是需要首先做细菌培养、做药物敏感试验，根据敏感的药物做治疗。比如有的人会是一些特殊的病原体感染，比如淋球菌等等，都必须是做及时有效的治疗才可以的。
也有一部分输卵管卵巢脓肿的患者中西药结合药物治疗的效果很差，持续会有发热的症状或者是盆腔疼痛、下坠等等的症状存在，甚至有的人会有脓肿破裂等等的情况发生。
也有一部分患者最终是只能接受手术治疗的，虽然手术治疗之后也会有一部分患者会有复发，但是也要根据具体的情况来决定。