先天性短食管比较少见，在治疗方面一般以非手术治疗方式为主。在治疗方法上可以通过饮食治疗、药物治疗，甚至是食管扩张术等方式进行治疗，一般都能达到较为满意的效果，较为严重的患者需要手术治疗，
在患者睡觉时，一定要特别注意睡觉方式，可以通过半卧式的方式进行睡觉，以免造成食物反流，从而刺激消化道引起消化方面的疾病。
同时在饮食方面，应特别注意忌食辛辣、刺激的食物，以免造成对肠胃等的刺激。另外，疾病应早发现早治疗，若晚发现将会对患者的成长发育不利。