先天性短食管和食道裂孔疝不是同一个病症，应注意进行区分。先天性短食管一般是由于先天发育异常引起，可能会造成患者摄入食物时出现反流等症状。一般在治疗方式上以药物治疗等保守治疗方式为主，也可以采用手术治疗的方式进行。
而食道裂孔疝的症状一般表现为腹痛、进食吞咽不舒服、胸闷等症状，进行胸片检查时显示为后纵隔肿物。患有食管裂孔疝疾病的患者，胃部位置不会发生变化，这两种疾病的作用机理不一样，临床症状也有所不同，应注意区分。