食道裂孔疝的发生原因有以下方面：
首先，是解剖位置的因素，因为胸腔和腹腔隔着一层膈肌，正常的膈肌起到维持胸腔的腹压的作用，而食道从胸腔内穿过膈肌进入腹腔，在膈肌处留下一个食道裂孔。这个裂孔在患者肥胖、妊娠、长期便秘或者长期慢性咳嗽的情况下，导致腹腔内压力长期比较高，食道的下段括约肌结构和功能损伤，使得腹腔内的脏器进入胸腔之内，形成食道裂孔疝。
其次，由于一些原因引起食管缩短，包括手术、食管炎、迷走神经兴奋等情况，也会导致食道裂孔疝的发生。
此外，还有一种先天性的食管发育异常，外伤导致食管或者膈肌损伤，都会引起食道裂孔疝。