胃内膈膜孔大可以穿过食物就没有症状。当间隔孔小或继发炎症引起粘膜水肿使孔变窄时，可引起阻塞。最常见的症状是呕吐，这是在出生后不久发生的，主要是在进食后。喷雾中含有奶水和奶凝块，没有胆汁和血液。可有腹胀或腹痛，其特点是喂奶后疼痛，呕吐后缓解。呕吐常常是间歇性的，还可伴有食欲减退、体重减轻等症状。
体格检查上腹部肿胀，有胃蠕动波，中下腹平坦。当膈肌无孔时，高位梗阻症状出现较早。完全性胃隔膜闭锁可用钡剂灌肠或胃镜诊断，但常因持续呕吐和上腹胀而手术，诊断需经剖腹手术。